Паколькі таматавы карычневы фруктовы вірус заражае расліны таматаў і перцу па ўсім свеце, насенныя кампаніі працуюць над вывядзеннем устойлівага памідора.
Багатыя генетычныя і геномныя рэсурсы былі даступныя для селекцыянераў памідораў яшчэ да пачатку праектаў геномнай секвенцыі памідораў. Вялікія калекцыі зародкавай плазмы таматаў даўно створаны ў некалькіх месцах. У генеабанках па ўсім свеце захоўваецца больш за 75,000 XNUMX памідораў. Адзін з найбуйнейшых - генбанк USDA ў Жэневе, Нью-Ёрк.
Паслядоўнасць генома памідораў была пачата ў 2005 г. як шматнацыянальная праца паміж 14 краінамі і завершана ў 2012 г. Гэтыя намаганні значна паскорыліся з ужываннем штучнага інтэлекту, машыннага навучання і ўдасканаленых алгарытмаў для аналізу вялікай колькасці генетычных і фенатыпічных дадзеных.
Памідор-геном
Даследчыкі з Інстытута Бойса Томпсана ў 2020 годзе стварылі высакаякасны эталонны геном для дзікіх памідораў для атрымання больш поўнага і карыснага панамкавага генома. Яны выявілі ўчасткі геному, якія ляжаць у аснове водару, памеру і паспявання пладоў, талерантнасці да стрэсаў і ўстойлівасці да хвароб. Збольшага дзякуючы перадавым тэхналогіям секвенирования, якія дазваляюць счытваць вельмі доўгія фрагменты ДНК, эталонны геном з'яўляецца больш поўным і дакладным, чым існуючая база дадзеных.
Старыя тэхналогіі секвенирования, якія счытваюць больш кароткія фрагменты ДНК, ідэнтыфікуюць мутацыі на аднабазавым узроўні. Аднак яны дрэнна знаходзяць структурныя варыянты, такія як ўстаўкі, дэлецыі, інверсіі або дубліраванне вялікіх кавалкаў ДНК.
У 2019 годзе міжнародная група даследчыкаў сканструявала геном памідора, выкарыстоўваючы геномныя паслядоўнасці з 725 філагенетычна і геаграфічна рэпрэзентатыўных гатункаў. Гэтая база дадзеных уключае 4,873 гены, якія не знойдзены ў арыгінальным даведачным геноме. Прысутныя / адсутныя варыяцыйныя аналізы выявілі істотную страту генаў і інтэнсіўны адмоўны адбор генаў і прамотараў падчас прыручэння і паляпшэння памідораў.
Прачытайце поўны артыкул на www.seedworld.com.